O Fundo de Garantia de Depósitos assume um perfil conservador face aos riscos e aplica os seus recursos em operações financeiras de elevada qualidade de crédito e de baixo risco de mercado para que seja assegurada uma adequada liquidez sem perda significativa do respetivo valor quando ocorrer uma situação de indisponibilidade de depósitos nas instituições participantes.

O Fundo de Garantia de Depósitos aplica os seus recursos em operações financeiras mediante plano de aplicações acordado com o Banco de Cabo Verde.

Se os recursos financeiros do Fundo de Garantia de Depósitos se mostrarem insuficientes para o cumprimento das suas obrigações (nomeadamente, caso o valor a pagar pelo Fundo de Garantia de Depósitos  para o reembolso de depósitos de uma ou várias instituições de crédito suas participantes seja superior ao montante de recursos financeiros disponíveis), poderá o Fundo de Garantia de Depósitos  cobrar contribuições especiais às instituições participantes ou contrair empréstimos, designadamente junto do Tesouro Publico e do Banco de Cabo Verde.